天启元年(1621)秋天，鄜州中部县令窦如芳拜谒黄帝陵时，“仰瞻庙貌，夷圮几许”，他“为之恻然”,上奏朝廷。明熹宗朱由校拨出专用银两，派遣使臣，重新整修 黄帝陵庙，前后历时两年，为轩辕庙新修了东西长廊，在内外诸户均竖碑亭。
崇祯九年(1636)，中部县知事万云路上奏章建议重修黄帝陵庙。经核准，同年七月动工，九月完工，历经40天，补修轩辕庙正殿6楹，葺治大门、二门共8楹，构筑垣墙110丈。修整后的庙宇，“栋宇辉煌，牲拴修洁”，“环睹鲜妍，仰府藻采。且帝相聿新，风牧诸臣，俱烨然改观”。
清顺治三年(1646)，世祖皇帝命使祭祀黄帝陵时，对黄帝陵庙进行了清代第一次维修。此后，清代康熙年间三次维修黄帝陵庙，六年(1667)由刺史与洛、中、宜三邑令长主持维修，十九年(1680)由王廷弼主持维修，三十年(1691)由李暄主持维修；雍正 年间维修两次，七年(1729)由何任主持维修，十三年(1735)由李如沅主持维修；乾隆年 间维修三次，二十五年(1760)由巩敬绪主持维修，三十七年(1772)由董廷楷主持维修， 五十五年(1790)由罗南英主持维修；嘉庆十二年(1807)由丁瀚主持维修一次；道光十二 年(1832)、二十二年(1842)程弯素主持维修两次。有详细记载的有以下几次：
清康熙六年(1667)丁未十月《重修轩辕黄帝庙碑》和《重修轩辕黄帝庙募缘序》 碑记载康熙六年前，黄帝陵庙圮颓庙漏。据清刘尔悸撰《重修轩辕黄帝庙募缘序》记载：康熙六年，巡抚都御史贾公来庙，见此境况，“恻然弗自宁也，以檄河西副宪；副宪鲍公亲诣庙谒览焉，而叹曰：‘事孰有急于此者乎！乃兹颓焉弗修也!'于是下令，龙材程工。太守王公则曰：‘是不可重劳民。'乃捐俸资之。而司李刘公则谓予曰：‘事集于人，功成于众，子何言之？’予曰：‘功崇者世，泽永者思。今孰不居尔宫室，利尔器用，习尔文书，而律历，而衣裳？此世者之道，而思之永者也，则谁不思饬厥祠! 知是役也，宪司身其事，太守与公尝董率之!夫上所令，下奉唯谨也，上所为，下弗力恤也。彼文武将吏，有事于延之封域者，厚集其资以襄厥事，亦义所不得辞也。'为整修黄帝陵庙，七位地方官员(陕西按察司副金事周云、陕西按察司副使鲍开茂、延 安府知府王廷弼、神木兼收同知英宗泗、署葭州事神木同知高显辰、靖边知县口、 中部县典史汪兆焱)共捐俸银218两。同年十月，“大殿成，两门、碑亭，乃作唐宋元 明碑序，列其中。然后周垣兴，闷宫实枝，门宇辉焕"。
雍正七年(1729),皇帝下诏天下郡邑，凡有皇古圣哲王寝陵庙者，均应整修；倘 若资金不够，可上报拨专款。雍正十二年(1734),中部县令何君“上其事于州”,陕西 直隶鄜州知州李如沅“为请之当道各宪”。于是，"佑其工值"。于同年二月十八日开工 整修，直至九月十二日竣工，历时七个月。修成后，陵庙焕然一新，“登登冯冯，弗 胜馨鼓；碧瓦凌空，金茎耀日"(雍正十三年(1735)《轩辕黄帝庙重修碑记》。
乾隆二十六年(1761)对黄帝陵庙的整修是清代规模最大的一次。这年，鄜州知州高麟勋拜谒黄帝陵庙，“瞻仰榱题，周视垣墉，多朽落颓圮，遂慨然动修葺志”，令中部 县令巩敬绪督修。七月动工，十月完工。关于这次整修，乾隆二十六年十一月之《重 建轩辕庙记》有详细记载，节录如下：